“师妹,今天七夕,怎么没有出去玩?”
“组会的ppt还没做完,这个图折腾了一上午,还是没画好…”
“venn图?我知道一个好用的小工具~”
在之前的微信文章已经介绍过使用多种工具绘制韦恩图(Venn ),如 tools、、R的 包、Excel等,详细的画法可参考拓展阅读部分。对于之前介绍的方法,绘图的难点是如何筛选数据。
这里给大家介绍一个容易上手而且功能强大的工具,可以直接使用微生物丰度表或基因表达量表绘制韦恩图,它就是 tools的新成员:动态Venn图工具。
在软件中心的会员专属选项下找到“动态Venn图”工具,如下图,然后进入工具页面。虽然它是 VIP会员专享工具,但从今日18:00到本周五18:00前,即使你是普通用户也可以使用!
工具网址:
下面就以《R语言绘制韦恩图学习笔记分享》 一文的范例数据为例,看下如何轻松绘制韦恩图吧!
数据准备
先把数据准备好,数据可以是gene的表达量、物种的丰度数据等,我这里的范例数据是O TU丰度表。
不同样本的物种(OTU)丰度表格:
注意,把Excel中整理好的文件另存为“制表符分隔”的txt文件,如下, 和几乎所有的生信工具一样不支持Excel格式。另外,表格中避免出现中文、空格、特殊符号如、?、*、[ ]、$ 等。
数据上传
如果数据需要反复使用,可将表达量数据上传到我的数据,方法如下:
任务编号会随机生成,点选择文件按钮,选择刚才上传到云端的表达量表格。
当然你可以直接点浏览本地文件按钮,上传本地文件做分析,只不过每次用该数据分析时都需要上传一遍。
点击提交按钮,到我的任务页面可以查看任务状态,大约5秒左右刷新任务状态即可,然后点跳转查看。
点击刷新任务状态按钮,可查看初始绘制效果,也可以切换任务编号,查看之前分析的结果,初始的绘制效果如下:
很明显,默认情况下每个样本都是用所有的O TU进行绘制,这显然没有实际意义,我们需要设置阈值进行筛选。相比于之前介绍的用Excel(方法参考 《一个比包更强大的韦恩图绘制工具》 一文)或者用R语言(方法参考《R语言绘制韦恩图学习笔记分享》 一文)进行数据筛选,动态Venn图工具的筛选数据方法就简单得多,只需设置统计阈值,点重绘按钮即可。
为了方便和《R语言绘制韦恩图学习笔记分享》 一文的绘图结果进行比较,这里设置相同的筛选参数,即选择绝对丰度值大于0的O TU绘制韦恩图。可以看到绘图结果与之前的一致,如下:
接着,在颜色修改选项下,可以对韦恩图的配色进行自定义调整,如下。
除了设置椭圆的填充颜色,你还可以单独设置每个椭圆的描边颜色,如下。
当然你也可以在全局修改选项下设置字体的大小和描边的粗细,如下,当描边设为0时,没有描边。
调整满意后,点下载按钮下载图片, tools支持下载svg格式的矢量图,便于后期调整。
绘制效果如下:
当然,此时你若反悔了,还可以在上图的基础上继续调整,如下。
最终的效果如下:
当然,如果样本数超过5个(下面范例数据中有12个样本),会直接绘制出漂亮的“花瓣”韦恩图!
得到的花瓣韦恩图如下,调整花瓣的配色,这里选“配色3”。我这里也将描边颜色全部调整为白色。这里花瓣上的数字代表样本独有的o tu个数,中间的“花心”数字表示所有样本共有(交集)的o tu个数。
最终,得到的花瓣韦恩图如下:
如果对图表的样式和配色仍不满意,可使用Ai(Adobe )直接打开svg格式的矢量图,如下,继续做进一步的调整。
满意后导出图片即可。
当然样本数超过5个之后,你还可以使用的Upset韦恩图工具绘制Upset韦恩图,如下图,更详细的教程见《基迪奥云平台新工具–UpSet韦恩图》 。
今天的内容就到这里啦~
拓展阅读: